Il protocollo fu introdotto negli Stati italiani dalla riforma amministrativa di Napoleone: in questa serie sono riuniti dodici registri di protocollo che riportano le annotazioni quotidiane della corrispondenza in arrivo e in partenza tra 1815 e 1864.
In questo arco di tempo, com’è noto, il Comune di Montignoso si trovò sotto la dominazione lucchese prima, del Ducato di Modena poi (1847-1859), infine annesso al territorio della Provincia di Massa e Carrara fin dalla sua istituzione.
Grazie ai registri (reg. 95) seguiamo le vicende del comune che nel 1815 fu per un breve periodo guidato dal governatore della Città e della Provincia di Lucca Giuseppe Werklein, ossia Joseph von Werklein, per conto dell'Imperatore Francesco I d'Austria. Risale all'ottobre dello stesso anno, come desumiamo dalla documentazione, l’abolizione delle mairies, cioè dei municipi alla francese, e l’istituzione delle nuovi Comuni. Nell'ottobre del 1815 furono abolite le mairies e fu installata la nuova organizzazione delle Comuni. Il 31 ottobre dello stesso anno furono nominati i cancellieri delle rispettive Comunità, con decreto del 4 novemebre dello stesso anno fu nominato cancelliere di Montignoso Cosimo Pardini, che curò la registrazioni delle missive fino alla fine del settembre 1816 quando fu trasferito a Viareggio. Le missive portano il visto di G. Butori, direttore delle Dogane e facente funzioni di ispettore delle Casse.
La rubrica dell'archivio e del protocollo 1823-1824 ci consente di individuare inoltre gli uffici e le materie di competenza del Comune sotto cui i documenti venivano archiviati e registrati: ammalati, archivio, balie, bilancio, bestiame, boschi, beneficenza, cani, cantine e osterie, carabinieri, capitali, canali e fiumi e cateratte, contabilità, carità, carceri, confini, catasto, decreti e leggi, determinazioni e notificazioni, deputazioni, deficienze, danni rurali, fide e fuochi, figli esposti, fabbriche, Fortezza e terreni adiacenti, feste, frantoi, governo di Viareggio, immondezza, impiegati, istruzione pubblica, iscrizioni ipotecarie, lotteria, livelli, medici e chirurghi, mercuriali, morti, Marina, magistrato e consiglio, opera, personale tassa, periti, Polizia municipale, procaccia, precedenza e ordine, registri e contabilità, ruoli di esazione, rimanenze, strade e acque, statistiche, vescovo e culto.
Nell'indice di protocollo del 1826 vengono invece elencati i seguenti uffici amministrativi: amministrazione provinciale, Buongoverno, boschi e beni comunali, beneficenza, carceri, commissioni sopra le Comuni, contabilità, canali e acque, culto, cataratte, certificati, carità, decreti e leggi, danni, determinazioni, esattore e camerlengo, esattore maggiore, finanza, fabbriche, fide e fuochi, frantoi, iscrizioni ipotecarie, interno ordine da uniformarsi, interno affari, indigenti, lotteria, mercuriali, magistrato, opera, osterie e cantine, polizia municipale, procaccia, ruoli di esazione, rimborsi di catasto, sanità, specifiche, strade e acque, vescovato.
Nonostante le cesure e i passaggi di governo, le funzioni dell'Ufficio Protocollo sono rimaste pressoché invariate e nei registri pluriennali le annotazioni degli atti sono sempre correttamente trascritte, con l’indicazione di contenuto, data, destinazione e provenienza dei singoli atti.